<abstract xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">The characterization of livestock genetic diversity has experienced extensive changes with the availability of dense nucleotide markers. Among the various forms of markers, the single nucleotide polymorphisms (SNP) have arguably the largest influence. A wide range of indicators for the assessment of genetic diversity was developed, or the existing methods were improved, enabling us to make informed decisions on the management of livestock populations. This review discusses the selected aspects of diversity assessment, with special attention to the SNP based methods.One of the core concepts in genomics of diversity is the linkage disequilibrium (LD), as it was shaped by demographic events during the development of breeds and species. These events, either natural or artificial, left detectable signals within the livestock genomes. Further changes were induced by human activity when mating related animals, leading to fixing or improving the desired traits in the breed, but reducing their genetic variability. The assessment of relatedness is also pivotal to construct meaningful mating plans and to avoid the negative consequences of inbreeding depression that might be detrimental especially in small, endangered populations. Both LD and relatedness are of interest on their own, as well as in their follow-up applications deriving overall measures of effective population size.</abstract>

The characterization of livestock genetic diversity has experienced extensive changes with the availability of dense nucleotide markers. Among the various forms of markers, the single nucleotide polymorphisms (SNP) have arguably the largest influence. A wide range of indicators for the assessment of genetic diversity was developed, or the existing methods were improved, enabling us to make informed decisions on the management of livestock populations. This review discusses the selected aspects of diversity assessment, with special attention to the SNP based methods.One of the core concepts in genomics of diversity is the linkage disequilibrium (LD), as it was shaped by demographic events during the development of breeds and species. These events, either natural or artificial, left detectable signals within the livestock genomes. Further changes were induced by human activity when mating related animals, leading to fixing or improving the desired traits in the breed, but reducing their genetic variability. The assessment of relatedness is also pivotal to construct meaningful mating plans and to avoid the negative consequences of inbreeding depression that might be detrimental especially in small, endangered populations. Both LD and relatedness are of interest on their own, as well as in their follow-up applications deriving overall measures of effective population size.

Genomic descriptors of biodiversity – A review

<trans-abstract xml:lang="de" xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">Die Charakterisierung der genetischen Diversität der Nutztiere wurde durch die Einführung von Nukleotidmarkern stark verändert. Es gibt eine Anzahl von verschiedenen Genommarkern, wobei die Einzelnukleotid-Polymorphismus-Marker (SNP) am bedeutsamsten sind. Eine hohe Anzahl an Indikatoren zur Beurteilung der genetischen Diversität wurde entwickelt bzw. die bereits bestehenden Methoden wurden optimiert. Diese Methoden tragen dazu bei, dass Selektionsentscheidungen in Populationen leichter getroffen werden können. Diese Übersichtsarbeit befasst sich mit der Beurteilung von genetischer Diversität unter besonderer Berücksichtigung von SNP-Methoden.Das wichtigste genomische Diversitätskonzept ist das Kopplungsungleichgewicht (LD). Durch den demographischen Wandel haben sich verschiedene Rassen und Spezies entwickelt. Das Konzept des Kopplungsungleichgewichts hilft diesen natürlichen oder künstlichen Wandeln anhand sogenannter detektierbarer Signale im Genom der Nutztiere zu verstehen. Zusätzlich zu natürlichen Ereignissen hat der Mensch durch gezielte Selektion und gezielte Paarung in einer Population bestimmte gewünschte Merkmale verbessert bzw. fixiert und dadurch die genetische Varianz reduziert. Die Bestimmung des Verwandtschaftsgrades in einer Population unterstützt die Erstellung von Anpaarungsplänen und verhindert dadurch die negativen Konsequenzen durch Inzuchtdepression, speziell in kleinen und gefährdeten Populationen. Kopplungsungleichgewicht als auch der Grad der Verwandtschaft sind wichtige Diversitätsparameter einer Population, können aber auch zur weiteren Ableitung von der effektiven Populationsgröße, genutzt werden.</trans-abstract>

Die Charakterisierung der genetischen Diversität der Nutztiere wurde durch die Einführung von Nukleotidmarkern stark verändert. Es gibt eine Anzahl von verschiedenen Genommarkern, wobei die Einzelnukleotid-Polymorphismus-Marker (SNP) am bedeutsamsten sind. Eine hohe Anzahl an Indikatoren zur Beurteilung der genetischen Diversität wurde entwickelt bzw. die bereits bestehenden Methoden wurden optimiert. Diese Methoden tragen dazu bei, dass Selektionsentscheidungen in Populationen leichter getroffen werden können. Diese Übersichtsarbeit befasst sich mit der Beurteilung von genetischer Diversität unter besonderer Berücksichtigung von SNP-Methoden.Das wichtigste genomische Diversitätskonzept ist das Kopplungsungleichgewicht (LD). Durch den demographischen Wandel haben sich verschiedene Rassen und Spezies entwickelt. Das Konzept des Kopplungsungleichgewichts hilft diesen natürlichen oder künstlichen Wandeln anhand sogenannter detektierbarer Signale im Genom der Nutztiere zu verstehen. Zusätzlich zu natürlichen Ereignissen hat der Mensch durch gezielte Selektion und gezielte Paarung in einer Population bestimmte gewünschte Merkmale verbessert bzw. fixiert und dadurch die genetische Varianz reduziert. Die Bestimmung des Verwandtschaftsgrades in einer Population unterstützt die Erstellung von Anpaarungsplänen und verhindert dadurch die negativen Konsequenzen durch Inzuchtdepression, speziell in kleinen und gefährdeten Populationen. Kopplungsungleichgewicht als auch der Grad der Verwandtschaft sind wichtige Diversitätsparameter einer Population, können aber auch zur weiteren Ableitung von der effektiven Populationsgröße, genutzt werden.

Die Bodenkultur: Journal of Land Management, Food and Environment

This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 3.0 License.

Genomische Deskriptoren der Biodiversität – Eine Übersicht

The characterization of livestock genetic diversity has experienced extensive changes with the availability of dense nucleotide markers. Among the various...

Genomic descriptors of biodiversity – A review

Article Category: Research Article

Published Online: Oct 05, 2018

Page range: 73 - 83

Received: Nov 09, 2017

Accepted: Jul 01, 2018

DOI: https://doi.org/10.2478/boku-2018-0007

Keywords
Single nucleotide polymorphism, linkage disequilibrium, population structure, inbreeding, livestock

© 2018 Gábor Mészáros, published by Sciendo

This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 3.0 License.

Genomic descriptors of biodiversity – A review

Article Category: Research Article

Published Online: Oct 05, 2018

Page range: 73 - 83

Received: Nov 09, 2017

Accepted: Jul 01, 2018

DOI: https://doi.org/10.2478/boku-2018-0007

KeywordsSingle nucleotide polymorphism, linkage disequilibrium, population structure, inbreeding, livestock

© 2018 Gábor Mészáros, published by Sciendo

This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 3.0 License.

Keywords
Single nucleotide polymorphism, linkage disequilibrium, population structure, inbreeding, livestock